Les ressortissants étrangers qui entrent sur le territoire japonais sont soumis à la prise de données biométriques. A cet effet, ils doivent, au moment des formalités d’immigration, se prêter à la prise d’empreintes digitales et à un portrait photographique (de face seulement) avant d’être interrogés par l’officier d’immigration. Cette procédure s’applique à tous les ressortissants étrangers, y compris aux détenteurs d’un visa de retour japonais ("re-entry permit") à l’exception des catégories suivantes :

1. résidents permanents bénéficiant de statuts spéciaux ;

2. personnes de moins de 16 ans ;

3. personnes exerçant des activités relevant des statuts de "diplomate" ou "officiel" ;

4. personnes invitées par les directeurs des organes administratifs officiels ;

5. personnes désignées par arrêté du Ministère de la Justice comme apparentées aux catégories citées aux points 3 ou 4.

Le visa est obligatoire pour un séjour d’une durée supérieure à 3 mois.

La présentation d’un passeport en cours de validité est obligatoire pour être admis sur le territoire. Les enfants mineurs peuvent disposer d’un passeport individuel ou être inscrits dans les conditions prévues par la réglementation française sur le passeport de leurs parents. L’entrée sur le territoire sera refusée dans tous les autres cas (présentation par exemple d’un passeport périmé ou d’un laissez-passer, d’une carte nationale d’identité, d’un permis de conduire ou d’un livret de famille). Les services consulaires ne peuvent intervenir auprès des services de l’immigration pour faciliter l’entrée sur le territoire japonais de ressortissants ne présentant pas les documents de voyage en cours de validité requis.

Les services de l’immigration sont stricts en matière d’autorisation de séjour. Les étrangers séjournant illégalement dans l’archipel ou qui prolongent leur séjour, même de 24h, après l’expiration de leur visa risquent une arrestation et une incarcération.

Le contrôle de la police des frontières est très strict en matière de stupéfiants. La découverte d’une quantité très faible de cannabis sur un voyageur entraîne automatiquement sa garde à vue au commissariat de l’aéroport et, généralement, sa mise en examen. La garde à vue dure au minimum 3 jours et peut être prolongée à deux reprises de 10 jours sur décision du juge d’instruction. Celui-ci peut prolonger la détention pour un complément d’enquête. Une peine de prison est très souvent prononcée.